本院具有集自然科學、社會科學和工程技術(shù)為一體的綜合性學科群，下設(shè)地理科學系、地質(zhì)科學系、環(huán)境科學與環(huán)境工程系和水文與水資源工程系4個學系，擁有博士后科研流動站2個（地理學、地質(zhì)學）；國家級重點學科、一級學科博士點1個（地理學）；甘肅省重點學科3個（地理學、地質(zhì)學、環(huán)境科學）；二級學科博士點8個（自然地理學、人文地理學、地球系統(tǒng)科學、生物地理學、遙感與地理信息系統(tǒng)、第四紀地質(zhì)學、古生物與地層學和環(huán)境科學）；14個碩士點（自然地理學、人文地理學、地球系統(tǒng)科學、生物地理學、地圖學與地理信息系統(tǒng)、城市與區(qū)域規(guī)劃、礦物學巖石學礦床學、地球化學、古生物學與地層學、構(gòu)造地質(zhì)學、第四紀地質(zhì)學、水文學及水資源、環(huán)境科學、環(huán)境工程）；8個本科專業(yè)（地理科學、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、地理信息系統(tǒng)、地質(zhì)學、地球化學、環(huán)境科學、環(huán)境工程、水文與水資源工程）；教育部重點實驗室1個（西部環(huán)境），國家級創(chuàng)新群體1個（西部環(huán)境變化），國家級理科人才培養(yǎng)基地1個（地理科學）。
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